La encefalitis por enterovirus es una enfermedad infrecuente en el período neonatal. La mayoría de los casos son asintomáticos. Presentamos un paciente de 5 días de vida que ingresa al servicio de terapia intensiva por presentar hipoglucemia y convulsiones. Se arriba al diagnóstico en forma temprana, mediante reacción en cadena de polimerasa en líquido cefalorraquídeo descartando enfermedades de causa metabólica.